Bioinformatics

前言 只要是軟體工程師這個領域內的職業都一定需要經營自己的side project side project等於自己的職涯作品集，應徵時絕對會需要拿出來展示的項目 以前寫過一篇關於生物資訊工程師要經 …

前言 這篇文章是爲了自己要學習幾個Nextflow的重要功能而寫的 並寫一個程式實踐這些功能 Nextflow的基本概念會跳過不講 可以參考我之前寫的文章快速了解或是看官方文件 Nextflow …

情境說明，自己玩的專案中需要建立NT資料庫 並且需要經過資料清洗，像是將資料庫分成human和non human的fasta 並將無taxon分類的sequences排除 可怕的是目前的NT的序列數 …

前言 最近的一個新聞報導臺灣人常吃的蛤蜊原來是全新的物種 以前都一直以爲是1920年代引進到台灣的麗文蛤，經過水試所研究人員研究發現是不同於該物種的全新種

Makura的功能介紹可以看上一篇 Makura安裝與使用 - 批量下載NCBI genomes bash 1 pip install makura==1.2.0 這篇介紹1.0.0到1.2.0之間增 …

研究雞的腸道菌相除了要做基礎研究外，大多是為了提升生長和生產表現以及減少對抗生素依賴 來看看近幾年的相關研究的菌相分析方法以及分析流程會使用到哪些工具

Introduction 目的是要一次大量下載NCBI的assembly genome Q：這種需求什麼時候會用上呢？ A: 生物資訊分析genomics或metageomics資料常會需要下載指定 …

Introduction workflow framework要學嗎？ 其實也不一定要，自己用python之類的自刻一套完整有邏輯的workflow framework（之後簡稱WF）也行 只是想 …

如果要做對應徵生物資訊職缺有幫助的 side project 我認為有幾個方向可以考慮

台灣目前(2022)最多的工作機會是基因體定序與分析，在 104 上隨時都可以看到， 應用領域其實就是精準醫療跟微生物研究。 至於商業市場沒這麼大的醫療影像、生物統計、質譜分析、抗體設計等工作機會就 …