Post Categories
IT 21 Linux 9 Life 10 Animal Science 7 R 3 Biostatistics 8 Bioinformatics 16 Wordpress 2 Docker 2 bioinformatics 1 life 1 DevOps 1 Python 1
Nextflow平行與合併處理 Nextflow平行與合併處理
前言這篇文章是爲了自己要學習幾個Nextflow的重要功能而寫的並寫一個程式實踐這些功能 Nextflow的基本概念會跳過不講可以參考我之前寫的文章快速了解或是看官方文件 Nextflow教學 - 以最小可行專案為例
2023-08-06 Bioinformatics
bioinformatics nextflow
NT FASTA近億等級數量索引 NT FASTA近億等級數量索引
情境說明，自己玩的專案中需要建立NT資料庫並且需要經過資料清洗，像是將資料庫分成human和non human的fasta並將無taxon分類的sequences排除可怕的是目前的NT的序列數已達到9400萬條 策略是先遊歷一遍整個檔
2023-07-06 Bioinformatics
python nt blastdb marisa_trie
台灣文蛤是新種?怎樣算新種? 台灣文蛤是新種?怎樣算新種?
前言最近的一個新聞報導臺灣人常吃的蛤蜊原來是全新的物種以前都一直以爲是1920年代引進到台灣的麗文蛤，經過水試所研究人員研究發現是不同於該物種的全新種 Sheng-Tai Hsiao & Shih-Chang Chuan
2023-04-17 Bioinformatics
phylogenetics
Makura v1.2.0 更新說明 Makura v1.2.0 更新說明
Makura的功能介紹可以看上一篇 Makura安裝與使用 - 批量下載NCBI genomes pip install makura==1.2.0 這篇介紹1.0.0到1.2.0之間增加的功能和修復的bug Features
2023-03-19 Bioinformatics
python ncbi assembly genomes
2022 Review雞腸道菌相分析方法 2022 Review雞腸道菌相分析方法
研究雞的腸道菌相除了要做基礎研究外，大多是為了提升生長和生產表現以及減少對抗生素依賴來看看近幾年的相關研究的菌相分析方法以及分析流程會使用到哪些工具 Fig. 1. Overview of the factors affecting
2022-12-19 Bioinformatics
short review metagenome chicken gut
Makura安裝與使用 - 批量下載NCBI genomes Makura安裝與使用 - 批量下載NCBI genomes
Introduction目的是要一次大量下載NCBI的assembly genomeQ：這種需求什麼時候會用上呢？A: 生物資訊分析genomics或metageomics資料常會需要下載指定物種或是所有屬於微生物的genomes
2022-12-12 Bioinformatics
python ncbi assembly genomes
Nextflow教學 - 以最小可行專案為例 Nextflow教學 - 以最小可行專案為例
Introductionworkflow framework要學嗎？其實也不一定要，自己用python之類的自刻一套完整有邏輯的workflow framework（之後簡稱WF）也行 只是想說104上面一堆公司都在那邊最好要會Nextf
2022-11-20 Bioinformatics
nextflow
生物資訊的side project 生物資訊的side project
如果要做對應徵生物資訊職缺有幫助的 side project我認為有幾個方向可以考慮 Workflow Package GUI Algorithm Pull request Workflow建立一套分析流程，使用 python 或
2022-09-11 Bioinformatics
bioinformatics python nextflow
生物資訊工程師要有哪些經驗和技能 生物資訊工程師要有哪些經驗和技能
台灣目前(2022)最多的工作機會是基因體定序與分析，在 104 上隨時都可以看到，應用領域其實就是精準醫療跟微生物研究。 至於商業市場沒這麼大的醫療影像、生物統計、質譜分析、抗體設計等工作機會就是可遇不可求了 薪水不可能比科技業好得
2022-09-08 Bioinformatics
docker bioinformatics linux mysql git
學生物資訊要準備啥等級的電腦 學生物資訊要準備啥等級的電腦
一般打遊戲的配置廣泛用途又是學習不是要賺錢的話就你如果會打遊戲就用那個配置以我自己來說就是可以玩魔物獵人的等級 最重要的兩個零件就CPU和顯卡可以參考我的 CPU: AMD R5 3600 顯卡: NVIDIA RTX3060 比
2022-03-30 Bioinformatics
computer CPU GPU
1 / 2