Hunglin's Blog

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前言只要是軟體工程師這個領域內的職業都一定需要經營自己的side projectside project等於自己的職涯作品集，應徵時絕對會需要拿出來展示的項目以前寫過一篇關於生物資訊工程師要經營side project可以往哪些方向其中一

2023-11-14 bioinformatics

github pull request

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前言這篇文章是爲了自己要學習幾個Nextflow的重要功能而寫的並寫一個程式實踐這些功能 Nextflow的基本概念會跳過不講可以參考我之前寫的文章快速了解或是看官方文件 Nextflow教學 - 以最小可行專案為例

2023-08-06 Bioinformatics

bioinformatics nextflow

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情境說明，自己玩的專案中需要建立NT資料庫並且需要經過資料清洗，像是將資料庫分成human和non human的fasta並將無taxon分類的sequences排除可怕的是目前的NT的序列數已達到9400萬條策略是先遊歷一遍整個檔

2023-07-06 Bioinformatics

python nt blastdb marisa_trie

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這篇是成功案例，但每次更換電子零件都是場賭注如果更換完按下開機鍵有不如預期的狀況真的很想死先講結論，調整記憶體電壓就成功了，但要發現是電壓問題… 原零件: 主機板: Gigabyte B450 AORUS PRO WIF

2023-06-12 life

RAM

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前言最近的一個新聞報導臺灣人常吃的蛤蜊原來是全新的物種以前都一直以爲是1920年代引進到台灣的麗文蛤，經過水試所研究人員研究發現是不同於該物種的全新種 Sheng-Tai Hsiao & Shih-Chang Chuan

2023-04-17 Bioinformatics

phylogenetics

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Makura的功能介紹可以看上一篇 Makura安裝與使用 - 批量下載NCBI genomes pip install makura==1.2.0 這篇介紹1.0.0到1.2.0之間增加的功能和修復的bug Features

2023-03-19 Bioinformatics

python ncbi assembly genomes

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更新docker之後容器都暫停並出現以下錯誤 docker-compose up -d Starting hexo-app ... error ERROR: for hexo-app Cannot start service app:

2023-03-08 Docker

docker